Jean Michel CHARLIER, scénariste, et Jean GIRAUD, dessinateur, créent le personnage du lieutenant Blueberry en 1963 pour le journal Pilote.
La première histoire : "Fort Navajo", parait dans les numéros 210 à 232 d'octobre 1963 à avril 1964. La seconde : "Tonnerre à l'Ouest" suit quelques semaines plus tard et démarre au numéro 236, fin avril 1964. A partir de 1965, et avec la publication du premier album, la série jusque là seulement référencée "Fort Navajo" prend définitivement le nom de son héros : Blueberry.

La série va vite devenir l'une des plus grandes références du western en BD. Elle démarre au lendemain de la guerre de sécession et suit les aventures d'un lieutenant de l'armée de l'Union. Blueberry est cynique, indiscipliné, joueur, buveur... loin de l'archétype du héros classique. La série va le voir vieillir, son évolution en est d'ailleurs l'un des points forts. A partir de 1968, l'écriture ira vers plus de liberté et de maturité, magnifiquement servie par le dessin de GIRAUD dont le perfectionnement atteint des sommets.

Dargaud publie le premier album en 1965 dans la célèbre collection Pilote. De 1969 à 1975, ce sont 2 albums qui paraissent par an. Pour la Belgique, les albums sont édités simultanément par Le Lombard.
Entre 1975 et 1979, GIRAUD se consacre essentiellement au journal Métal Hurlant sous le pseudonyme, bientôt célèbre, de MOEBIUS...
En 1975 puis en 1979, CHARLIER et GIRAUD commencent à raconter la jeunesse de Blueberry pendant la guerre de sécession sur 3 albums, les 17, 19 et 20. La jeunesse de Blueberry deviendra une série à part, reprise aux dessins par Colin WILSON avec le 4è tome en 1985 et éditée par Novedi, puis Alpen Publishers. Les 3 premiers albums disparaîtront de la numérotation de la série principale.
Le 19è album de la nouvelle numérotation, "La longue marche" de 1980, est édité par Fleurus. Les 20è, "La tribu fantôme" de 1982, et 21è, "La dernière carte" de 1983 sont publiés chez Hachette. Le 22è, "Le bout de la piste", 1986, sort chez Novedi et le 23è, "Arizona love", 1990, chez Alpen Publishers. La série revient chez Dargaud en 1995 avec le cycle "Mister Blueberry", entrepris par Jean GIRAUD en solo après le décès de Jean-Michel CHARLIER.

Entre 1982 et 1983, EPI a sortie une revue Blueberry au format poche reprenant la série. Elle ne connaîtra que 4 numéros.

La série a fait l'objet d'une adaptation cinématographique en 2004, "Blueberry, l'expérience interdite" de Jan KOUNEN.